康熙三十六年(公元1697年)，设旗编佐，正式设置阿拉善和硕特旗。康熙三十七年(1698年），徙牧于伏尔加河流域的土尔扈特部阿玉奇汗族弟纳扎尔玛穆特之子阿喇布珠尔，率部西藏礼佛，归路被阻，请求内附，清廷赐牧党河、色尔腾地方。1729年阿喇布珠尔之子丹忠晋封多罗贝勒，雍正九年(1731年)以后移牧额济纳河流域。乾隆十八年(1753年)，设额济纳旧土尔扈特旗。两旗上不设盟，直属清廷理藩院管辖。

魏晋南北朝时期，魏国和西晋续设西海郡。北魏时，阿拉善地区为凉州所辖，北魏道武帝登国元年(公元386年)，氐族人吕光建立后凉政权，领居延县。北魏孝明帝正光二年(公元521年），居延古都属柔然婆罗门领地。