康熙三十六年(公元1697年),设旗编佐,正式设置阿拉善和硕特旗。康熙三十七年(1698年),徙牧于伏尔加河流域的土尔扈特部阿玉奇汗族弟纳扎尔玛穆特之子阿喇布珠尔,率部西藏礼佛,归路被阻,请求内附,清廷赐牧党河、色尔腾地方。1729年阿喇布珠尔之子丹忠晋封多罗贝勒,雍正九年(1731年)以后移牧额济纳河流域。乾隆十八年(1753年),设额济纳旧土尔扈特旗。两旗上不设盟,直属清廷理藩院管辖。
在的黄河岸边、兰山要塞、戈壁绿洲、瀚海大漠之中,蕴藏着极为丰富的文物古迹。史前遗存、商周遗址、古郡重镇、万里长城、关隘要塞、城堡烽燧、屯田遗迹、冶炼场所、汉元墓葬、古代岩画、居延汉简、黑城文书、亲王府邸和黄教寺庙构成了阿拉善地区灿烂绚丽的历史文化。