北宋仁宗宝元元年(公元1038年)，西夏建国时设12监军司，贺兰山坚军驻守贺兰山沿线，守军5万人。在居延地区设置“黑山威福军司”，治所为今额济纳旗东南黑城元朝设亦集乃路，属甘肃行中书省管辖，管理军政事务，总管府驻哈拉浩特(黑城）。明太祖洪武五年(公元1372年），明军西路军5万骑出塞，兵锋直指亦集乃路，哈拉浩特守将卜颜帖木尔降明，黑城废弃。明朝时期，北元和瓦刺势力先后占据阿拉善地区，明中期以后为蒙古达延汗属部的游牧地。

在今天的黄河岸边、兰山要塞、戈壁绿洲、瀚海大漠之中，蕴藏着极为丰富的文物古迹。史前遗存、商周遗址、古郡重镇、万里长城、关隘要塞、城堡烽燧、屯田遗迹、冶炼场所、汉元墓葬、古代岩画、居延汉简、黑城文书、亲王府邸和黄教寺庙构成了阿拉善地区灿烂绚丽的历史文化。